法治条件下，不论是否实行一国两制，维护国家安全的主要责任主体应是中央而非地方(包括特别行政区)。首先，法治意味着尊重法律所规范的对象的内在规律，也就是法律规范的科学基础。国家安全的概念不论如何定义，其核心基于国家整体的安全，而不是国家各个组成部分安全的简单叠加。因此，不论国家的某个组成部分在比例上多么巨大，在战略上多么重要，抑或在法律地位上多么特殊，都不能也不应改变国家安全事务是一个不可分割的有机整体、国家整体与部分在国家安全事务中的内在联系和相应的法律逻辑关系。相应地，就中央与地方关系而言，与国家整体有关且内在联系不可分割或不适于进行区域分割的事务，应归属中央事权而非地方事权才符合法治必需的科学要求。

　　其次，根本上讲，对主权国家国家安全的现实威胁来自外部而非内部，尤其来自具有较强综合实力的其他主权国家。而主权国家的任何组成部分或相应部分的区域性政权，不论综合实力还是法律地位，都不具备单独对抗其他可能有实力威胁其国家安全的主权国家的能力和资格。从其他国家的经验看，即使在国家结构上实行联邦制的国家，维护国家安全的主要职责和职权以及相应的职能机关组织系统也属于联邦，其内在原因是相同的。可见，由主权国家的全国性政权主导国家安全事务，与各国国家结构的差异性无关。

　　再次，一些人士顾虑的以维护国家安全为借口侵犯人权的防范问题，从根本上讲，要靠法治约束权力的运行，要靠全体国民增强对法治和国家安全的涵义及正确关系的理解，而非将本应属于中央的事权交给不适合行使此等权力的特别行政区。

　　在法治框架内一国两制条件下，根据职权职责相适应的基本法理，中央与地方(包括特别行政区)在维护国家安全方面的分工原则应是：中央负有主导责任，地方负有配合责任，中央为主、地方为辅，而不是条块分割基础上实行“谁的孩子谁抱走”。同样，国家安全机关应实行中央垂直领导体制而非“多级政权，多级国家安全机关”的分层领导体制。在特别行政区如何禁止危害国家安全的行为以及因在特别行政区实施危害国家安全行为而应当依法承担的制裁性法律责任，根据两个特别行政区基本法第二十三条，应当由各特别行政区自行立法予以规定。

　　因此，如果有关维护国家安全的全国性法律中规定了中央在各特别行政区维护国家安全时的职责和依法可以采取的防范措施，以及特别行政区如何配合中央维护国家安全等根据基本法不属于高度自治事务的内容，且根据基本法的规定将相关全国性法律列于基本法附件三，就可以在特别行政区直接实施包括司法适用。反之，如果相关法律仅以内地情况为基本出发点，也未涉及中央与特别行政区关系，就不需要在香港实施。这正是“一国两制”条件下的“法治”与“一国一制”条件下的“法治”不同的特色之一。