两岸记忆断裂。独派就利用近代台湾遭日本殖民统治五十年曾经与母体中国大陆分离的两岸记忆断裂，以抹煞历史和曲扭历史的方式，解构台湾民众对祖国的认同。例如将中国固有的省籍地方意识提升为“国家”意识，并与台湾分离主义与本土意识相连结，借强大的公权力，以“台湾第一”“台湾优先”为理由，型塑向“台独”倾斜的“台湾主体意识”。众所较知者，莫过于教育部修改历史教科书，借学校教育灌输下一代台湾民众的分离意识，甚至还更进一步地在学校借推行“国防”教育课程，将内地投射成假想敌，误导台湾下一代的认同。
李登辉先生于2000年11月，坦言他自1988年继任“总统”以来，其工作重点大致有二，其中之一就是全面推动民主化。“台湾的民主化非以‘台湾认同’及‘台湾本土化’为主轴不可”。李登辉扭曲台湾本土化与台湾认同的真正意义，将台湾认同化与分离主义挂勾。因为我们忘记台湾这块土地的历史，所以对历史产生了极大的误解，好似台湾民众没有认同台湾是因为大陆反对台湾民众认同台湾，好似大陆反对台湾本土化，从而激发人类潜意识的逆反心理。
清朝对认同台湾的肯定
事实上，就如同前面所提到的，历史上清朝时大陆不但没有反对台湾民众认同台湾，反而是以科举制度肯定大家认同台湾。因为清政府在科举名额优惠台湾的政策下，台籍进士、举人和秀才中，许多人就是受益于其台籍的身份，这自然增加了台湾人的台湾地方意识，也就是说清朝是以制度肯定台湾民众对台湾的认同。
此外，台湾是一个移民社会，台湾人98.3%是移民，是汉族移民。在中国内地的社会习俗中，汉族总是认同自己的族群、省籍，甚至是自己出生的乡里。在十八世纪的移民台湾狂潮中，移民们不仅认同“省籍”，甚至也认同“次省籍”如福建的漳州与福建的泉州。所有这些台湾的内地移民，他们彼此间“同乡井如骨肉，疾病相扶，死丧相助”。但我们中华文化中有“日久他乡即故乡”的传统，所以就广义的地域观念，台湾人的认同与台湾本土化意识也就油然而生。此外，早在十八世纪，台湾官员在审理罪犯时，犯人要记载籍贯，不少犯人早就表明自己是台湾人、是台湾白河人，故台湾民众早在十八世纪初就开始认同台湾了。也就是说，大陆从来就没有反对台湾民众认同台湾，并且如前面所提到的，清朝科举考试优惠台湾名额的制度，更强化了台湾民众对台湾的认同。
日本殖民统治肯定论的目的是切割两岸
至于利用近代台湾遭日本殖民统治五十年曾经与母体中国大陆分离的两岸历史记忆断裂，台湾分离主义者论述核心之一的“日本殖民统治肯定论”，其目的是切断两岸的历史连结。其主政者明言“在台湾逐渐形成‘国家’意识，迈向建立‘新国家’的时刻，日本统治时代台湾史正是型塑这股力量的源头。检视这段历史也正是建立台湾观点重要的基础”。因此，“台独”对日据历史的论述，居然肯定马关条约是台湾命运的转折点，透过日本帝国统治，台湾展开近代化的发展，颂扬日本殖民政府在台湾办大学，引进现代教育等，好似厚我台民良多。
事实上，日本殖民政府对台湾人民的屠杀、压榨和歧视，罄竹难书，但无可讳言，从技术层面来说，日据时期正逢人类工业革命后的近代建设时期，故日人在台湾亦有所建设，但其本质是残酷掠夺与压榨。因时间有限，在此仅举例一二。以纵贯铁路为例，日人于1895年侵台，当时中国已修建基隆—新竹段的97公里铁路，并且已经营业。日本人是自1899年5月起，自南北两端同时动工，1908年完成基隆至高雄的纵贯铁路，前后历时九年;但在1897-1902年六年间残酷镇压各地的武装抗日事件中，遭日本殖民政府杀害者总计至少超过二万人(当时台湾人口仅约260万人)。
在教育方面，日人更是在小学、中学、高中与大学各阶段，均实行二元化的极端歧视政策。“台独”只颂扬日本人在台湾设立大学，但却不提日人歧视台湾人的程度。日据时期台湾只有一所大学，就是1928年成立的台北帝国大学。1943年时台湾唯一一所的大学-台北帝国大学-学生总数共454人、其中日本人384人、台湾人69人(64名学医)，但当时日本人仅占台湾居民总人口的6%，台湾人占台湾总人口的94%，却只享有15.2%的大学教育受教权，台湾人被日本殖民者歧视到这种程度，稍有良知的台湾人不可能会亲日。
日据时期，日本人在台湾是以近代国家机器，从初期的血腥诛杀，及中后期经由法律、警政、行政、金融、新闻管制与军宪威慑等公权力，结合引进之巨额资本与先进技术，构成严密的殖民地剥削体系，强夺豪取压榨台湾，为殖民母国日本攫取天大利益。整个日据时期，日本殖民政府与其统治之台湾人民间的关系，就是屠杀与被屠杀、压迫与被压迫、歧视与被歧视的血泪殖民关系。
因此，整个日据五十年，台湾人从未终止抗日，只是前期是从事武装抗日，后期转为非武装抗日，也就是从事在日人法律范围内的公开政治运动。后者，台湾菁英林献堂推动“台湾议会设置请愿运动”，蒋渭水则成立“台湾文化协会”，尤其是后者所谓推动发达台湾文化，其本质就是保存中华文化，日本人怎么会不懂?
