1943年3月，马锡五担任陇东专区专员时，根据边区政府的决定，兼任陕甘宁边区高等法院陇东分庭庭长，从此开始做司法工作。1946年4月，在边区参议会上，马锡五被选为边区高等法院院长，担任此职一直到1949年。在这段时间里，他经常下乡亲自审判了许多刑、民事案件，从中纠正了一些错案，妥善处理了一些缠讼多年的疑难案件，使违法者受到制裁，有罪者受到惩罚，无辜者获得释放，人民的合法权益得到保障，因而受到群众的热烈欢迎，百姓都亲切地称他为“马青天”。

　　马锡五审判刑事案件，重证据，重调查研究，不轻信口供，务求核实证据、查清事实，证据不扎实、事实不清楚，决不下判。他审判民事案件，总是深入群众调查研究，既坚持原则、坚决执行边区政府的政策法令，又照顾群众的生活习惯和善良风俗，既主持审判，又善于通过群众中有威望的人士对双方当事人进行解释说服工作，把审判与调解结合起来。审判的结果都能做到:是非分明，说理充分，符合政策法令，合乎人情事理，当事人口服心服，群众也受到生动而实际的教育。他的诉讼手续简易便民，不论早晨、晚上，田间、炕头，随时随地接待群众，审理案件。

　　1944年1月6日，陕甘宁边区政府主席林伯渠在《边区政府一年工作总结》中“关于司法工作”一节里提出:“提倡马锡五审判方式，以便教育群众。”同年3月13日延安《解放日报》发表评论，总结了马锡五审判方式的三个特点:深入调查、合理调解、手续简便，指出这种审判方式贯彻了充分的群众观点，是真正民间的、真正为人民服务的。时任边区参议会副参议长的谢觉哉在1944年6月起草的《边区政府关于普及调解、总结判例、清理监所的指示信》中也指出:“马锡五同志的审判方式，是与调解结合的。这是一个大原则，为群众又倚靠群众的大原则。”从此，马锡五审判方式首先在陕甘宁边区得到普遍推广，以后其他解放区也逐步加以学习借鉴，都收到了良好的效果。比如，各地司法机关处理民事案件和轻微刑事案件，以调解方式结案的比例大为增加，这对于增强人民内部团结、促进生产发展，起到了良好作用。各地还涌现出一批推行马锡五审判方式取得好成绩的优秀审判员。

　　马锡五在抗日战争和解放战争时期的革命根据地这个特定的历史条件下，冲破旧司法制度陈规陋习的束缚，把党的实事求是精神和群众路线运用到审判工作中，创造了一个崭新的依靠人民、便利人民、深受人民喜爱的审判方式，它对于解放区人民司法制度的建立与发展，确曾发挥过历史性的积极作用，对于新中国的司法制度也产生了深远的影响。